À la lumière de la Bible, de l’expérience humaine et du contexte dans lequel on vit, les Églises doivent constamment remettre en question leurs structures, leur pensée et leur vision du monde. L’Église n’a pas à dicter à la personne croyante ce qu’elle doit croire et faire. Les Églises protestantes se veulent en réforme permanente et en lien avec le monde dans lequel nous vivons.
En outre, la structure d’une Église réformée comme l’Église Unie n’est pas hiérarchique, mais démocratique et representative. L’autorité n’y est jamais exercée par une seule personne, mais plutôt par des conseils ou des assemblées élus composés d’hommes et de femmes, laïques, pasteurs et pasteures. C’est ce qu’on appelle une structure conciliaire. Nous croyons que l’Esprit Saint est présent et agit parmi les personnes réunies pour prendre ensemble les décisions concernant l’Église. Il n’existe pas de catégorie privilégiée de chrétiens et de chrétiennes, pas de différence fondamentale d’état entre pasteurs, pasteures et laïques. Le ministère pastoral est considéré comme un ministère particulier d’accompagnement et d’enseignement. Les pasteurs et les pasteures sont des personnes qui, par leur formation, sont appelées à assumer certaines responsabilités (prédication, sacrements, soins pastoraux) et partagent avec les laïques les responsabilités de la vie de paroisse. Par le baptême et par la foi, tous et toutes sont également prêtres, c’est-à-dire enfants de Dieu responsables. Les protestants insistent beaucoup sur ce principe, celui du sacerdoce universel de tous les chrétiens et les chrétiennes.
Chaque personne prend également part à la mission de l’Église, qui est de faire connaître l’amour inconditionnel de Dieu. L’institution qu’on appelle Église est vue comme un moyen humain pour vivre et transmettre l’Évangile. L’Église ne revendique aucune infaillibilité, car la compréhension de Dieu et du monde dans lequel nous vivons sont en évolution permanente et l’Esprit continue d’agir. Du point de vue protestant, il n’y a donc pas de modèle immuable pour l’organisation de l’Église-institution. L’accent est mis sur la transmission fidèle du message évangélique, sur son vécu et son témoignage à la fois personnel et public.