Le congrégationalisme au Canada débuta par l’acceptation de l’offre de terres gratuites faite par le gouvernement britannique aux Loyalistes de la Nouvelle-Angleterre prêts à se réinstaller en Nouvelle-Écosse. En 1759, plusieurs centaines d’immigrants fondèrent de nouvelles villes et formèrent des paroisses; la première fut à Chester et, en 1761, celle de Liverpool fut formée. En 1760, une colonie vit le jour à Mungerville, au Nouveau-Brunswick; la première paroisse fut organisée six ans plus tard. La première paroisse à Terre-Neuve se forma en 1846. En 1801, les congrégationalistes britanniques envoyèrent un missionnaire pour organiser une paroisse au Québec. Cette initiative amena la formation de l’Union congrégationaliste de l’Ontario et du Québec qui s’unit à l’ancien groupe en 1906. L’Union congrégationaliste du Canada nouvellement formée reçut en 1907 le Synode ontarien de la Fraternité en Christ basée aux États-Unis.