Ce sont les Huguenots français liés à l’exploration et à la colonisation de la Nouvelle-France qui ont apporté la foi réformée au Canada. Mais leur croissance et leur développement dans le Nouveau Monde étaient limités. Après la cession de l’Acadie (actuelle Nouvelle-Écosse) à l’Angleterre en 1713, l’immigration massive des presbytériens d’Écosse et d’Irlande submergea complètement le petit contingent français. Les premiers pasteurs d’Écosse, Daniel Cook, David Smith et Hugh Graham, organisèrent le Consistoire de Truro en 1786. À ce premier consistoire, un second se joignit en 1795, le Consistoire de Pictou, représentant une autre faction du presbytérianisme écossais. En 1817, grâce au travail de quelques pasteurs de l’Église officielle d’Écosse, ces deux groupes s’unirent pour former le Synode de l’Église presbytérienne de la Nouvelle-Écosse.
Simultanément aux événements qui avaient conduit à la formation du Synode de la Nouvelle-Écosse, les presbytériens s’étaient déplacés vers la région centrale et l’ouest du Canada. Comme ils l’avaient fait dans l’est du pays, ils y transportèrent les nombreuses divisions de l’Église d’Écosse et y établirent plusieurs consistoires et synodes, le premier étant le Consistoire des Canadas en 1818. L’établissement de nouvelles structures synodales se poursuivit pendant la première moitié du XIXe siècle, en partie à cause de l’importation des schismes de l’Église d’Écosse, l’arrivée d’immigrants non anglophones (les réformés hollandais) et l’accès aux nouveaux territoires dans l’Ouest canadien. En moitié de siècle, la tendance commença à s’inverser et, en 1875, une série de fusions conduisit à l’union de la plupart des presbytériens dans l’Église presbytérienne du Canada.